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% Tips para bioinformática % Joshua Haase

VCF

~ Obtener el encabezado y la información del VCF

awk '!/^#/ || $1 == "#CHROM" {print $0}'

~ Campos de VCF (después de script anterior)

:

#!/usr/bin/awk -f
'BEGIN {
	FS="\t"
	OFS="\t"
	ORS="\n"
	chrom=1
	pos=2
	id=3
	ref=4
	alt=5
	qual=6
	filter=7
	info=8
	format=9
	samples=10
}

{
	printf($chrom OFS $pos OFS $ref OFS $alt)
	for (i=samples; i<= NF; i++) {
		answer = 0
		if ($i = ".") {answer = 0}
		if ($i ~ "^0\/1" || $i ~ "^1\/0") {answer = 1}
		if ($i ~ "^1/1") {answer = 2}
		printf(OFS answer)
	}
	printf(ORS)
}'
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